L’urbanisation, l’essor de l’industrie et de l’agriculture intensive ont accru, de manière chronique ou accidentelle, la pollution des cours d’eau. La moitié des fleuves et rivières de la planète sont pollués. Cette pollution chimique provient entre autres des engrais de synthèse et des pesticides utilisés par l’agriculture, et des rejets toxiques de l’activité industrielle et minière. Le ruissellement des pluies et les infiltrations dans le sol entraînent la pollution vers les cours d’eau et l’océan. De plus en plus, les nappes phréatiques, théoriquement moins vulnérables que les eaux de surface, sont également contaminées, souvent pour une longue durée du fait du lent renouvellement des eaux souterraines. Par ailleurs, sur les quelques 10 000 espèces connues de poissons d’eau douce dans le monde, une espèce sur cinq (une sur trois en Europe) est en danger d’extinction pour ces raisons. Face au problème de la pollution, agriculteurs, entreprises et collectivités se mobilisent pour trouver des solutions, à la fois correctives et préventives. En France, un important effort de dépollution est en cours.